Il termine "agnostico/agnosticismo" deriva etimologicamente dall'anteposizione dell'alfa privativo, che comporta una negazione del verbo o del sostantivo che la segue, al verbo greco "gignosco", che significa "conoscere". Perciò, "agnostico" significa letteralmente "colui che non conosce".
L'espressione, coniata per la prima volta dal naturalista britannico Thomas Henry Huxley nel tentativo di definire e descrivere la sua posizione rispetto alla credenza in dio, è nata, presumibilmente, dalla contrapposizione alle antiche dottrine crestine gnostiche, secondo le quali la conoscenza (i.e. gnosi) dell'entità divina è interiore ad ogni essere umano.